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  • 執筆者の写真Minami Fujiwara

ldstore2


LDstore は、連鎖不平衡 (SNP 相関) を推定および保存するための計算効率の高いプログラムです。これは、OPENMP を使用した並列処理を実装し、SNP 相関と SNP に関する情報を同じバイナリ ファイルに保存して高速検索を行うことにより、RAREMETALWORKER と PLINK の優れた機能のいくつかを組み合わせています。したがって、LDstore は、ゲノム全体の関連研究の大規模なメタ分析で SNP 相関を共有したり、Web ポータル内でオンザフライのコンピューティング/クエリを実行したりするための理想的なツールです。

LDstore は次のプログラムです。
1. シーケンスデータの圧縮
2. 遺伝子型確率を投与量データに変換する
3. SNP相関の計算

http://christianbenner.com/ldstore_v2.0_x86_64.tgz
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